El patronato es el órgano máximo encargado del gobierno, dirección, representación y administración de la fundación. Nuestro patronato funciona a través de una comisión de gobierno y del presidente. La comisión de gobierno, integrada por el presidente y dos patronos designados por él, actúa como órgano consultivo de dicho presidente y ejecutivo de los acuerdos del patronato. El presidente ostenta la más alta representación de la fundación.
A nivel gerencial, el consejo de gobierno está acompañado por un director que desempeña labores de gestión y coordinación institucional y del desempeño de los programas, proyectos y actividades de la Fundación.
La Fundación Social Universal se divide actualmente en tres sectores de actuación: cooperación internacional al desarrollo , acción social local , medio ambiente y emprendimiento social sostenible. Cada una de estas áreas es dinamizada por comisiones de trabajo conformadas por miembros de patronato, un trabajador responsable del área y colaboradores voluntarios, y goza de autonomía de actuación dentro de los límites de la misión encomendada por el patronato.
Asimismo, se cuenta con una unidad de sensibilización y difusión social encargada de recopilar, sistematizar y transmitir la actividad fundacional a la ciudadanía con objeto de promover los valores y acciones de la institución y favorecer la captación de los recursos necesarios para el cumplimiento de nuestros objetivos; y de una unidad de tesorería y contabilidad gestionada encargada de la gestión y control económico y contable de la institución.